永历四十一年六月之后，琼海上的空气便逐渐紧张起来，清军在高雷廉等地的驻军一日复一日的增多，各种船只也趁着夜色由珠江口、碣石湾、南澳岛次第开向博贺港、雷州湾。到了九月上旬，清军在雷琼海峡北侧的驻军已经达到五万，水师船只也超过%%进攻的准备已经接近完成。
不过鉴于约定实施护航任务的葡萄牙船尚未到来，自诩无力跟郑军在海上硬拼的傅魁采取龟缩战术，将广东水师所有船只悉数安顿在以南三岛、东山岛为遮蔽的通明海沿岸，以期籍此躲避郑军可能对其实施的毁灭性打击。[.]
清军退入内海浅滩固然使得郑军主力夹板炮船无法对其进行打击，但清军拱手让出制海权的作法也使得郑军可以轻易的掌握其动向。郑军快速舰队琼州分舰队的通报船甚至一度深入雷州湾对清军沿海各砦抵近侦查，使得清军上下士气沮丧。
好在这种忍气吞声的日子很快就过去了，九月二十一日，三大一小四条葡萄牙武装商船驶入硇洲水道，停泊在东山岛以南海面。得到强助的清军立刻驱使葡萄牙人封闭雷州湾、驱离郑军侦查船。葡萄牙人便出动两艘大船在海口内巡航，其数目重多的炮口的确遏止了郑军通报船的行动，不过葡萄牙人并非一心一意配合清军的行动，因此对于傅魁下达的攻击指令虚以应付，只是将郑军通报船赶出海口了事。郑军虽然不能像之前一样轻易驶入雷州湾，但依旧能在海湾之外游弋，并不妨碍对清军动向的侦查。
对于葡萄牙人的阳奉阴违，傅魁和郎伊达无可奈何，只好派人跟葡萄牙人协商提前进攻。前来雷州湾协助清军登陆的四艘葡萄牙船中除了一艘小型军用盖伦外其余三艘大型克拉克船其实分属于各家船主及商馆所有，其之所以搁置了正常的商业活来到雷州湾正是因为粤省的最后通牒，如今听闻清军有意提前军事行动自然满心欢喜，于是双方约定于九月二十四日清早即实施南下登陆的行动。
九月二十四日，清军在天不亮的时候就登船出海，但是二万余人的登陆船团还是花了近二个时辰才整理好队形，慢慢驶出雷州湾。由于葡萄牙船已经提前封锁了海口，郑军的通报船并不能了解清军的真实动向，但随着大队船只的驶出，一切已经不再是秘密了。
清军一路南下，刚刚驶过外罗水道进入琼海之时，郑军快速舰队琼州分舰队所属盐水溪、大排港、竹筏港等三艘三千料双桅炮船已经在新任统领颜道及的率领下杀将过来。见到郑军来势汹汹，四艘葡萄牙船摆脱缓慢的清军船团迎击了过去，尽管只有一艘是军用盖伦，但大型克拉克船高达千吨的载荷和船上单舷近三十门的火数量远高出郑军双桅炮船甚多，因此一顿示威大于实效的炮击之后，郑军被迫调头而去。
示威成功的葡萄牙人忽然记起了玫瑰夫人号的遭遇，于是得势不饶人的猛追了下去，就这样他们便与清军船团之间产生了脱节。趁着这个难得的机会，再在外围寻找机会的飞犀、飞熊、飞星三船在谭安分统的率领下自海安湾的方向杀出，直薄清军大队。清军只看见郑军水师在葡萄牙人近乎表演的攻击下狼狈而逃，便以为郑军不过尔尔，十几条战船遂脱离阵位冲了出来，却被郑军用侧舷炮火好好的修理了一番。
正当突前的六条清军战船冒着浓浓的黑烟沉入大海之际，正当郑军炮船甩开其余几条笨拙的清军战船进一步逼近清军主力船团之时，听到后方传来炮声的葡萄牙人在自觉无法追上灵巧的颜道及一行后折返了回来，将将从毁灭的边缘救下了傅魁一行，饶是这样，清军还是又付出了四条运输船中弹起火和一身冷汗的代价。
见到清军的损失，明白自己中了声东击西知己的葡萄牙人接下来也学乖了，此后无论郑军如何引诱也不再脱离船团过远。由于琼海之间的距离实在过短，因此两次游击不成之后，郑军水师只能眼睁睁的看着清军靠上了琼州。
自付死里逃生的清军一窝蜂的靠上琼州海岸，混乱的情况让郎伊达花了足足半天的功夫整队，期间郎伊达还甚为担心郑军会趁机攻击，然而郑军的主力已经悉数南撤回了万州一线，因此郎伊达才得以侥幸重整起部队。
且不说何傅回程的途中还将遭到郑军水师的袭扰，就说郎伊达纠集着一万九千余人分路而进，一边派人收复了已经拆成废墟的白沙水寨，一边缓步靠近琼州府城。然而大队才行进了十里，前方的探马就来报告，已经收复了琼州府城。
闻讯又惊又喜的郎伊达一面派人向尚未返航的傅魁送去报捷文书，一面派出更多的探马四下打探。许是从郑军撤军中品咂到什么，各地县城中未被郑军遣走的士绅箪食浆壶迎接所谓的王师，而个别被明郑委任的地方知县及守备也纷纷宣布反正，就这样，到了十月初三，已经有琼州（附郭的琼山）及文昌、安定、澄迈、临高诸县回到了清廷的统治之下。
鉴于逐日登陆的清军已经高达四万之多，郑军水师于十月初五正式决定终止在琼海上的封锁任务。十月初九，已经多日没有遇到郑军袭扰的葡萄牙人出于早日恢复正常贸易早日赚取应得的金钱的目的向清军方面提出了终止护航的请求。
郎伊达和傅魁自然不愿意葡萄牙人此时便撒手撤出可，于是断然否定了葡萄牙人的请求。又过了三天，忍无可忍的葡萄牙人选择了不告而别，为此双方打起来官司，顺水推舟的吴兴祚据此还撕毁了之前跟葡萄牙人达成的惠利协议，让敢怒不敢言的澳门葡萄牙方面对清廷的蛮横产生了极大的愤怒。
但葡萄牙人的事情到此还不算完。琼海事了后，四艘葡萄牙武装商船中的两艘克拉克船和一艘盖伦船返回了澳门，另一艘克拉克船却仅直去了广南的会安，结果正好被撤往金兰的郑军快速舰队所撞见，双方在会同外海一阵乱战，郑军以一艘沉没、两艘起火、七十七名官兵伤亡的代价当着广南人的面夺取了这艘克拉克船，消息传到澳门，澳门评议会如丧考毗，部分商人开始通过英国人向明郑方面提出了和解的请求。
按下离心离德的葡萄牙人不说，清军于十月初八接收了儋州，但郎伊达的脚步却就此停了下来，一方面郑军大肆掠夺人口造成琼州田园荒芜，清军粮秣必须指望粤省转运，另一方面齐聚琼州府城的剩余乡绅也是郎伊达急于解决的对象。
十月十三日，郎伊达以资寇、通逆的名义抓捕琼山、临高、澄迈、文昌、安定等地琼北士绅一千一百户并五千六百余口。还搞不清清军目的的士绅们纷纷提出以家财劳军的方式偿赎“己罪”，但郎伊达却六亲不认，一场来自“圣君明主”这边的屠杀便就此落到了某些甘心“贝勒爷”奴婢的汉奸头上。
十月十四日，得到补给并完成琼北“清剿”后的清军再度南进，于东线先后夺回了会同、乐会两县，重新逼近郑军在万泉河一线的防线。
此时琼北“清剿”的真实消息还没有传到琼西、琼南，因此昌化、感恩两县也先后叛离明郑的控制区，到了十月十七日，郑军已经只保有万泉河至宁远河之间的沿海地区。
十月二十日，清军四万屯兵万泉河北，但是郎伊达多了一个心眼并没有直接寇关，反而借着自己兵多，兵分两路，自万泉河上游迂回，直逼万州而去，至于郑军关于战争的设想全数落空，不得不提前撤出万州、陵水、崖州一线人员。
十月三十日，清军进入万州州城，同日，郑军在万泉河沿线所部开始撤退。
郑军的撤退自然惊动了清军，郎伊达也想要实打实的军功，所以当即驱使所部对沿线各处堡砦实施总攻，但清军的攻击却遭到了当初何傅所部一样的遭遇，各处堡砦下积尸如山，郎伊达被迫终止了以头撞墙的愚行。
由此，趁着夜色，郑军陆续撤出各砦堡的守军，十一月初一，清军在惊天动地的爆炸声中被惊醒，此时才发觉，郑军已经自行摧毁了各处堡砦，登船离开琼州，径直返回了东宁。捡了大便宜的郎伊达不得不以若干郑军来不及撤出的旗帜作为冒领军功的凭证向广东报捷，至此，郑军在琼州哨以上建制的抵抗已经不复存在了。
尽管郑军的主力已经悉数撤走，但利用琼州漫长的海岸线，郑军还以小股部队活跃在清军粮道之上，迫使清军不断加强对后方运输的护卫。当然，这一切都是回光返照了，十一月初八，清军进入陵水，十一月十四日，清军进入崖州，至此整个琼州已经落到了清军的手中，无以腾挪的郑军小部被迫撤出，这就是康熙二十六年的“琼州大捷”。