自从马良智、毛恩寿两位亲方与明郑方面达成默契之后，琉球商船就成为唯一能驶入浙海关和江海关的外贸船只，这些琉球船为了避免缴纳高昂的通海税通常都会将明郑方面指定商品如生丝、丝绸、茶叶转运澎湖后就近采买东南亚及泰西商品返回那霸，如此一来萨摩藩就无法介入获利最厚的丝织品贸易，自是引起了岛津家的不满。
在这种情况下，萨摩藩便威逼琉球船主们一定要将大陆的丝运回那霸，否则不排除再度出兵的可能，对此已经升任【用意方】（管理国家财产和山川的治理）的马良智却故意庇护船主拒不执行萨摩藩的命令，因而遭致了岛津家的怨恨。
永历四十一年三月，在岛津家的支持下，一贯亲附萨摩的【给地方】（管理给与役人俸禄和旅费）的毛朝恩（读谷山亲方盛安）迫使尚贞王解除了马良智的职务，转由尚贞王继妃真壁按司加那志的父亲方安国（方氏六世立津亲方全敦）继任【用意方】。
但是方安国出于维护尚氏的目的，继续对萨摩的要求敷衍了事，以至于每年从萨摩口输入的生丝及丝织品的数量继续徘徊在低位，以至于萨摩口的贸易地位逐年下降，显赫一时的萨摩岛津家的财力也逐渐发生了困顿。
为了避免藩内财政破产，萨摩于永历四十二年六月要求琉球提供年贡的数量，将原先每年八千石贡米的数量扩大为一万二千石，并将贡米以外的布匹、皮毛等实物贡品给为给银三千六百两，此举固然减缓了萨摩财政的压力，但却给琉球带来了沉重的负担。
出于对萨摩欲壑难填的担心，毛恩寿等人再次恳请明郑方面庇护，不过此时郑军正在应备清军三省攻台，因此并无余力支援琉球方面，琉球被迫继续忍受岛津家的剥削。
不过当年十月之后，郑军大胜清军三省水师，形势顿时为之一变。
永历四十三年正月，明郑正式将原来设立在那霸的商馆改为国信使馆，新上任的国信使何之洲上任之初便拜谒尚贞王，公然宣布将庇护琉球不受外邦的侵略。接下来欣喜若狂的毛恩寿和方安国立刻发动政变，将亲*日的毛朝恩、毛龙达（美里亲方安季）等两位三法司及六位奉行众（表十五人）统统罢黜。
重新上台担任泊地头的马良智先是通报萨摩将年贡数目恢复永历四十一年时的数目，后又将萨摩派驻在琉球的目付悉数驱赶出境。
对于琉球方面的突然强硬，岛津家自是勃然大怒，然而此时已经不是初代藩主家久在世时的岛津藩了，数十年的承平让藩内的武士不可避免的受到了影响，再加上藩内又接连遭到洪水和旱灾致使领内歉收，因此岛津家并没有力量与刚刚战胜清军、士气爆棚的郑军正面冲突的实力，所以被迫隐忍了下来。
见到萨摩人异乎寻常的软弱，琉球方面在欢天喜地的同时还生出了进一步的心思。永历四十四年正月，琉球宣布将对萨摩的年贡再减少一半，同时不再向萨摩出售赤糖、生丝等商品，凡是前来那霸贸易的萨摩商人一体纳税等几条严重刺激萨摩的法令，这下就彻底惹火了号称日本最强兵的岛津家。
贞亨四年（1687）继任家督的岛津纲贵在当年四月召开的家老会议上作出最终裁决，出兵讨伐琉球。根据他的命令，再向江户幕府通报了相关情况并获得了许可之后，这一年的十一月，岛津家编组了一支有二十七只安宅船、关船的“庞大”船队，并招募了浪人在内的四千军势，浩浩荡荡的杀向琉球。
萨摩军的讨伐尚未取得幕府许可时，明郑在长崎的商馆便已经得知了相关情报，因此伏波舰队一部在风期之后便对萨摩诸港口实施了监视，等待岛津家出航，船队还刚刚驶入口之岛以南的萨南诸岛海域，郑军的通报船已经把消息传回了东宁。
再度巡视台湾各县的郑克臧在淡水得到岛津家出兵的消息，稍加权衡便指示水师应战，不过当时伏波舰队的主力不是在闽粤两省巡逻便是加强在舟山一线充当快速运输船，根本没有太多的力量可以抽调出来，不得已，林升便命令基隆队升帆出击。
主要承担教学任务的基隆队在三省攻台之后也逐渐鸟枪换炮了，虽然依然保留了大量的鸟船、福船、沙船作为教训用船，但原来充作软帆船教学之用的两条独桅纵帆船却早换成了广南分舰队替换下来四条四千料铁骨炮船---正雄心勃勃准备筹划将基隆队升格为水师学堂分舰队的黄初旭正愁没有机会，如今岛津人送上门来自然是笑纳不已的。
永历四十四年十一月二十六日，黄初旭亲率四条双帆炮船和三条通报船直趋琉球，在与论岛、伊平屋岛、野甫岛、屋那霸岛海域与萨摩藩的船队遭遇，战事的过程自然不用冗述了，使用郑军惯用的群狼战法的郑军一连击沉、击毁安宅船六只、关船十四只，萨摩人只有七只带伤的船夺路分别靠上周边岛屿，其中只有两只船三百余人安全抵达琉球本岛，其余的则搁浅在伊江岛等附属岛屿上，最后或被郑军俘获或活活的饿死在荒岛之上。
侥幸逃生的三百余萨摩军登陆之后，不甘失败的他们一路煊赫前行，攻击沿途按司，却是吓住了一部分琉球人，琉球山北（注：琉球本岛分山北、中山、山南三部分史称三省）重镇今归仁城也陷入了岛津家的手中。
得到汛报的琉球朝廷惊慌失措，马良智及毛恩寿心急之下亲自前往明郑国信使官邸求援。何之洲遂派人向海战得胜后回到那霸洋面耀武的基隆队方面通报，闹了个大红脸的黄初旭便率队重新北上，在名护城卸下四百学兵准备迎战。
萨摩军不知道郑军去而复返，准备用三百人创造奇迹的他们在把今归仁城糟蹋得不成样子之后便拍拍屁股一路南下。结果才行进了一天，便在通往羽地成和名护城的分岔路口一头撞上了郑军的水兵队。虽然郑军参战的大多是十几岁的年轻水兵和候补武官，但是初生牛犊不怕虎，再加上又之前的海战中刚刚得胜的，因此一个个士气爆棚、战意高昂。反观萨摩军虽然得到了短暂的休整，但一方面丧失的士气不是那么好恢复的，另一方面成为孤军的他们也丢掉了至关重要的火药及其他军火补给，所以在面对郑军时情不自禁发生了骚乱。如此一加一减，战斗的结果自然不言而喻。当战败四散的最后一名岛津足轻倒在琉球人的围攻下后，这场决定琉球未来归属的战斗就此落幕。
得胜的琉球方面忙不迭的废除了对萨摩的最后一点年贡，并且宣布废止萨摩强加给琉球一方的《誓文十五条》。不过琉球方面要求明郑方面支持其收回被萨摩割走的奄美大岛的要求却被当时主力部队尚在浙东作战的明郑方面所拒绝。
至于萨摩方面只要当年的十二月底才从长崎的明郑商人口中得知了远征军全军覆没的消息，吃了大亏的岛津人自然不干，除了在全领召集兵马以外，还再度派人前往江户要求幕府主持公道，赶走长崎的明郑商人、没收他们的财货以赔偿萨摩的损失。
看到萨摩的实力被削减，对外样大名甚不放心的幕府自然是暗自高兴，再加上丝割仲间的三都商人集团的强烈反对，因此幕府并不愿意出面跟明郑方面闹翻了，而且被福寿膏弄坏了脑子的将军纲吉为了求得子裔接连发布《生类怜悯令》，更不准日本境内出现刀兵血煞，所以萨摩的请求最终石沉大海。
见到幕府不愿为己做主，萨摩藩恨得牙根痒痒的，于是在永历四十五年二月初策动了第二次对琉球的讨伐，但是萨摩的运兵船根本出不了佐多岬，不但运兵船出不了佐多岬，就连在萨摩湾内通行的商船以及渔船都遭到郑军的随意炮击，岛津人虽然极为愤愤却也无可奈何。既然大军无法出动，自是不能长期保留着浪费粮食，更何况幕府还虎视眈眈准备纠错，所以在僵持了一个月后，岛津家只能无矢而终的放弃了对琉球的征讨。
岛津家见无法派兵下海、幕府又不理不睬，于是派出浪人在长崎作乱，接连砍伤明郑商人，就连郑明等人的府邸也遭到骚扰对此已经从大陆抽回手来的郑克臧命令对萨摩离岛进行攻击。郑军先后夺取了奄美大岛、萨南列岛、口永良部岛、屋久岛、硫磺岛，就连萨摩家老种子岛家的种子岛也被郑军攻占。
迫于郑军咄咄逼人的攻势，岛津藩被迫服软，双方在萨摩湾里进行谈判，最终，岛津家放弃包括奄美大岛在内的所以在琉球的利益，明郑则归还萨摩离岛，至此岛津家久的事业付诸东流，更为让岛津人沮丧的是，萨摩口由此彻底关闭，岛津断了一大财源，而日本的红糖、雪糖价格也随即节节高涨