魏忠贤被“病休”后，崇祯帝又以迅雷不及掩耳之势先后解除了工部尚书吴淳夫、太仆寺正卿白太始、尚宝司正卿魏抚民、司礼监掌印太监王体乾、南京守备太监杨朝、浙直织造太监李宝、承天守备太监李希哲、提督太和山太监冯玉、天寿山太监孟进等阉党要角的职务，至此，上上下下已经彻底看清楚了崇祯帝剪除阉党的决心。
天启七年十一月初一，崇祯帝发出清算阉党的上谕：“朕闻去恶务尽，御世之大权；人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺、严绳大憝，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，具以洞悉·····忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举······先帝弥留之时，犹叨恩晋秩，亡有纪极······赖祖宗在天之灵，天厌巨恶，神夺其魄，罪状毕露······本当寸磔，念梓宫在殡，姑置凤阳······于戏！大奸脱距，国典用彰；苟丽于辟，情罪允孚！”
天启威风八面的九千岁就这样轻而易举的被发往凤阳守陵了。
说实在的，早在数日前，崇祯帝给天启帝上了“达天阐道敦孝笃友章文襄武端靖穆庄勤悊皇帝”的谥号以及“熹宗”皇帝的庙号时，一切已经注定了。
是的，在皇帝庙号用典中，有功安人曰“熹”，因此熹宗的庙号并非是惋惜，也并非是以“熹”通“僖”，明褒暗贬，某种程度上至少是一个中评，代表了崇祯帝对天启帝的尊敬；但谥号“悊”就有问题了，“悊”和“哲”是同音同意词，在谥号中，“知人曰哲；明知渊深曰哲；官人应实曰哲；明知周通曰哲；识微虑终曰哲；知能辨物曰哲”，因此一看就是用的反义，极具嘲讽。
当然，谥号是礼部上的，上这个“悊”字，并非是崇祯帝的指示，但礼部此前掌握在阉党手中，上“哲”字谥号自然是用的正面逻辑，可崇祯帝顺水推舟时把“哲”字便成了“折心”之“悊”，可见其并非是真心实意，而是用的逆向思维。
只可惜，当时阉党上下被崇祯帝的表演所迷惑了，根本没认真想，所以，忽视了必要的征兆，因此，一败涂地也是正常的事情······
打发魏忠贤滚去凤阳后，崇祯帝又罢免了吏部尚书周应秋、兵部尚书田吉、提督操江右佥都御史刘志选、锦衣卫左都督田尔耕、孙云鹤、工部尚书李虞夔、巡抚延绥右副都御史朱童蒙、户部尚书张我续、刑部左侍郎张九畴、都察院右都御史署顺天府尹李春茂等阉党成员；并从户科给事中李觉斯的奏荐，撤销了对前兵部尚书王永光、詹事萧命官、司业贺逢圣、庶吉士杨汝成、马之骥、闪仲俨等东林党人的禁锢；此外，崇祯帝还火急火燎的从南京召回了曹化淳，让其担任司礼监秉笔太监。
眼见得阉党毫无抵抗能力的被自己一网打尽了，崇祯帝忽然不自信起来，此时已经升任御马监太监的高起潜出于固宠（争宠）的目的，提醒崇祯帝要斩草除根。
于是为了避免魏忠贤等人还有卷土重来的机会，崇祯帝又谕示兵部：“朕御极以来深思治理，而有逆恶魏忠贤擅窃国柄，蠹盗内帑；诬陷忠直，草菅人命，很如狼虎。本当肆市，以雪众冤；姑从轻降发凤阳。不思自惩，将素蓄亡命之徒身带凶刃，不胜其数；环拥随护，势若叛然。令锦衣卫官旗扭解押赴，跟随**即时擒奏。”
已经失势但还未被抓捕的李永贞听闻崇祯帝最新上谕后，立刻斥巨资雇募信使，向魏忠贤通报，结果才走到河间府阜城县的魏忠贤得信后自知性命难保，便与同行的李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至深夜四更，然后一起上吊自杀了。
魏忠贤死后，之前遭到严厉整肃的东林党犹有不平，便请旨对魏忠贤家人进行清算。qqxsnew
崇祯帝便命人将客氏鞭死在了浣衣局，魏忠贤的侄子魏良卿、客氏的儿子侯国兴、侄子客光先等在阉党得势时高官得坐、骏马得骑的魏氏、客氏亲眷也一一被抄家拿问，最终先后处死、暴尸街头；宫中的王安余党更是深恨魏忠贤，便怂恿崇祯帝将魏忠贤肢解，悬头于河间府城头之上。
得到魏忠贤自杀、客氏被杀且魏氏、客氏子弟也被拿下的消息，崔呈秀自知性命难保，便“列姬妾，罗诸奇异珍宝，呼酒痛饮，尽一卮即掷坏之，饮已自缢”了。
崔呈秀自杀的消息刚刚传到北京，时任户部四川司郎中加贵州布政司右参议的刘应过便揣摩上意，上了一封言天下六大苦的奏疏，这六大苦是“诸臣逮系、诸臣狱死、诸臣追赃、仕涂去就、新进禁锢、廷臣被劫”。
鉴于这“六大苦”都是阉党的所作所为，于是为了进一步收拢朝野反阉党人士的忠心，崇祯帝便又下了一道施恩于下的敕书，这封敕书中说道：“巨恶魏忠贤窃先帝之宠灵，擅朝廷之威福，密结**矫诬善类；稍有触忌，肆行惨杀，数年蔑诬不知几许、削夺不知几许······今魏忠贤、崔呈秀天刑已殛，臣民之愤稍舒；而诏狱游魂犹郁、锢籍誉髦未伸，岂所以昭朕维新之治！今应褒赠，即与褒赠；应荫恤，即与荫恤；应复官，即与复官；应起用，即与起用；应开释，即与开释：勿致久淹，伤朕好生之意！”
诏书一下，反阉党人士欢欣鼓舞，直说崇祯帝是圣君明主。
被哄得高兴的崇祯帝随即下令廷推阁臣，组织排除阉党后的新内阁。
孟绍虞、钱龙锡、杨景辰、薛三省、来宗道、李立标、萧命官、周道登、刘鸿训、房壮丽、曹思诚等东林党及中立派人士被遴选其中，于是崇祯帝便进钱龙锡、杨景辰、来宗道、李标、周道登、刘鸿训等人同为礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事······