由于明廷采取了剿抚并用的手段，在崇祯十二年四月前，“义军”的形势出现了极度低沉的局面，但“义军”的低谷期没有持续多久，崇祯十二年五月起，“义军”再一次活跃起来，并且是空前的活跃----练饷的征收如火上浇油一样，让明末“农民起义”迅速进入了高三朝阶段。
而这一切的改变首先是从张献忠、罗汝才两部的再次叛乱开始的。
崇祯十二年五月，一度因为形势所迫才被迫受抚的张献忠，发现北上勤王的明军剿寇军主力并没有南返，因此胆气复壮，遂于该月上旬于谷城以“毁城、劫库、放囚”的形势发动了叛乱，并杀死了谷城知县阮之钿，并在县衙墙壁上留下了“以告楚人，言发，由总理（熊文灿）酷取其货”的声明，还“列具上官姓名，疏取（来信索取）贿多寡、日月”，“唯襄阳道王瑞栴不取一钱”等字眼，以证明自己是被迫再次造反的。
随即，张献忠率部离开谷城开往房县，与正在那里“解甲耕屯为观望”的罗汝才部汇合；
见到张献忠部开到，早就不甘心种地的罗汝才立刻响应，也举起了再度反明的旗帜，并与张献忠部联手攻下了房县县城。
张献忠部与罗汝才部再次叛乱的消息，以及张献忠留下的所谓官逼民反的证言证物，让熊文灿恼羞成怒，便命令左良玉部加以讨伐。
得知左良玉部开来，自知不敌的张献忠和罗汝才部经过商议，于当年七月二十二日，放弃房县西进秦岭深处；接到收复房县消息的熊文灿对于左良玉部行动缓慢，导致张献忠和罗汝才两部逃脱非常不满，便勒令左良玉继续追击。
左良玉“谓路险饷艰，不可追”，然“文灿身入祸门，不暇审计，强使行”。
在熊文灿的逼迫下，左良玉于七月二十六日，与豫将罗岱部一起出发，并以罗岱部位前军，左部蹑行其后，“逾房县八十里，至罗猴山”，“军乏食”，且遇张献忠并罗汝才部的伏击，罗岱当场战死，左良玉便“大败奔回，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人”。
罗猴山之战后，摆脱了追兵的张罗联军“欲入狭西”，但陕西明军扼守要隘兴安，张罗两部无法突破，只能转向进入川东，但又遭到四川明军的抵御，于是，同年九月，张、罗两部分开行动，张献忠部向陕西转移，罗汝才部转向湖广。
而在张、罗两部分开行动之前，崇祯皇帝已经对熊文灿的无能和贪鄙忍无可忍了，于是，将其“削官”、“戴罪自赎”，对此，熊文灿的举荐人杨嗣昌未免心中着急，为了避免明廷内部的政治反动派，拿熊文灿的事来攻击自己，杨嗣昌便“请自行以塞上意”。
杨嗣昌被重用，本就是崇祯皇帝的独断，因此眼下看到杨嗣昌出了问题，所以崇祯皇帝也希望“嗣昌立功、以靖众口”，所以，杨嗣昌一提出“自行”，崇祯皇帝便“亟许之”，就此决定由杨嗣昌以大学士兼兵部尚书的身份出任督师，并“赐剑”、许以“便宜诛赏”。
九月六日，杨嗣昌陛辞离京，崇祯皇帝还“赐诗祖晏”，其诗为：“盐梅今日作干城，上将威压细柳营，一扫寇氛从此靖，还期教养遂民生。”
不说诗作的好不好，但这份恩宠是没得说的，甚至还为了帮助杨嗣昌灭口，待杨嗣昌抵达熊文灿大营后，逮捕熊文灿入京，并坐以“大辟”······
“王乾，你报称，‘舞、叶间有妖民刘保儿作乱’、‘柘城有土贼一斗谷为祸’、‘梁（开封）、宋（归德）间有一条龙、袁老山起事’，复有商丘黄老山、许州蓝氏兄弟、商水哪吒等近五十多股土寇为祸全省，那河南府周边有没有呢？”
王乾回应道：“回世子爷的话，有的，永宁有张瞎子、马保儿、党三，渑池有郭鬼子、叫破天，嵩县有一支香、血红花，另外在汝州与河南的交接处，还有李福、李康兄弟及一条龙、艾一等部为祸。”
朱由崧皱了皱眉头，问道：“少林寺不管周边的匪盗吗？”
王乾目光闪烁道：“奴婢怀疑，其中有几支土寇就是少林寺扶持的。”
朱由崧冷笑起来：“好一个佛门圣地啊，不说少林寺了，说说看，这些土寇当中有本藩扶持的吗？”
王乾摇头道：“没有！”
“真的没有？”
“奴婢不敢欺瞒世子爷，的确没有！”
朱由崧摸了摸上嘴唇的胡子，对王乾说道：“这不太好，通知路通抽几个绝对可靠的，在本藩撤人废弃的王庄中找几个地方，竖起旗帜来，或许关键时候有大用的。”
王乾提醒道：“世子爷，王庄都是在建在平原上的，虽然有遗弃的寨子可以坚守，但还是容易被官军剿灭啊！再说了，维持他们，少不得又要粮食！”
朱由崧知道王乾担心什么，回应道：“树旗也看树什么旗，完全可以打保境安民的旗帜嘛，即便真遇到朝廷来剿、流寇来讨，也可以投进去，算是我们的伏子，至不济也可以跟尚可喜唱一出双簧，让他得些功劳。”
王乾完全明白了朱由崧的用意，但还是担心粮食问题：“那粮食这块？”
朱由崧回复道：“一开始用不着那么兵马的，一处二、三百也就顶天了，是用不了多少粮食的。”
王乾考虑了一下，建议道：“既然如此，完全可以让王庄管事组织那些不愿意走的庄户立旗，何必再派路通的人进去，万一乱世中，路通的人被触发了贪念野心，世子爷的用心岂不是白费了吗？”
“糊涂，这种事，方便本藩直接出面吗？”朱由崧的话听起来是呵斥，其实是解释。“至于路通的人日后会怎么样，的确是说不准，但就算其不背叛王府，谁能保证一定会在土寇兼并、流寇和官军的讨伐下幸存呢？”
朱由崧继续道：“我这是广收薄种，万一有一个能在官军中升上去，有一个能在流寇中占了高位，关键时候就能起到大作用啊。”
王乾恍然道：“是，奴婢糊涂，奴婢这就去安排······”