耿仲明部撤到杨庭河北岸时，尚有帅标亲卫300余人、徐得功部300余人、宋国辅部850余人、陈绍宗部800余人，但最终能逃回宁海州城的仅有不足400人，因此第一次威海卫保卫战，可以用明军全胜、清军惨败来做结论。
虽说耿仲明在宁海州城里还有8000多兵马可用，像第一次威海卫保卫战这样的战斗，还能再打上两次，但丢到了手中最精锐、最能打的营头后，耿部实际上已经失去了继续进攻的能力，没有一段时间的整训和以战代练是恢复不了元气的。
如果仅仅是部队元气大伤也就罢了，假以时日总能恢复的，然而逃到宁海州的耿仲明的身体也出了问题----耿仲明在杨庭河夜战中手臂挨了一发铳弹，不但造成了粉碎性骨折，而且因为处置不及时，所以造成了铅弹留置体内，因此回到宁海州没多久，就高烧不退了----由于当时并没有绝对有效治疗铅毒的方子，故此，徐得功、陈绍宗等耿部大将就只能眼睁睁的看着耿仲明走向死亡。
耿仲明都快要死了，耿部自然要镇之以静的----1646年四月二十日，徐得功等以耿仲明的名义向清廷上了遗表，请求清廷允许耿仲明的长子耿继茂继承王爵、牛录及耿部的兵权，而在上述遗表获得清廷同意前，耿部便以粮饷不足的名义，滞留在了宁海州一线，听任勇士营在威海卫大肆修建堡寨，也听任文登县城、莱阳县城及成山卫、靖海卫、大嵩卫等卫所继续尊奉明廷号令、高举大明旗帜----由此，登莱战场陷入了诡异的平静之中。
登莱战场陷入了不战不和的状态，但青州及济南方向的反清斗争却因为耿部的撤离而重新高涨起来，对此，济尔哈朗只能选派身兼汉军正红旗、镶红旗两旗固山额真的王世选统帅5000兵马增援济南和青州方向······
1645年（清顺治二年）初，山西教民张四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，以皇天清净善友会组织名义联络民众，假借持斋事佛，暗中组织反清起义，虽然该起义在当年就被清军残酷镇压了，但余党依旧在山西活动，并且活动范围还从朔州一地，扩大到了晋中、上党等地；进而导致了清廷对其等更加严厉的查禁和迫害。
进入1646年后，被迫从晋中撤出的皇天清净善友会成员孟三、艾一、侯二、侯四等人跑到了山西交城和文水一带，与活跃在当地的土寇张判子、千金刘等汇合，遂于当年三月在交城水峪关举行了反清武装起义，并于三月二十日，击败了交城县城派去镇压的500绿营。
在击破绿营兵，起义军随即兵锋直指交城县城，但由于清廷委任的交城知县组织地方大户进行了顽强抵抗，且太原、文水等地清军又在闻讯后，紧急驰援，因此起义军最终没能打下交城，反而在各路清军的压迫下，退回了吕梁山区，此后长期活跃在吕梁一带。
山西清军也试图对吕梁反清武装进行清剿，但却面对连绵起伏的吕梁山，实在是剿无可剿，所以，只能选择封锁战术，试图饿死山中的反清义军；面对清军的饿杀战法，孟三、张判子等率部北移至清军统治相对薄弱的娄烦、静乐、岚县等地活动，让清军的企图大半落空，由此，吕梁山反清武装就成了山西清军身上的一个顽疾，极大的牵制了山西清军的注意力。
除了吕梁山方向有反清武装在活跃外，沁源、安泽、平顺、陵川等地山区也有大小不等的多股反清武装的活动，这些反清武装时隐时现、飘忽不定，让山西清军疲于奔命，十分的头疼；只是平原地区的士绅已经相继降服于清廷统治，因此山西最主要的几处平原谷地一直牢牢掌握在清廷手中，这就使得山西反清力量始终无法组织更多更大规模的反清斗争，也因此，某种意义上，山西成了既京畿周边、畿南以后，清廷掌握的第三个“模范区”······
鉴于孙可望、刘文秀两部在川南土司区的进展缓慢，张献忠便在1646年四月初续调了兵马三万增援孙、刘两部，得到增援的孙、刘随即根据张献忠的指示对参与反抗的川南民众举起了屠刀；正是在大西军肆无忌惮的屠杀面前，川南土司退缩了，于是，当月二十三日，东川军民府土司仲姑、乌撒军民府土司蒙閟代表两地土司向孙可望部输诚。
大喜过望的孙可望一面命令东川、乌撒等地土司向大西军提供粮秣驿夫，一面指挥大军攻入了云南境内；但由于川滇边境的道路难行，所以孙可望和刘文秀最终决定兵分两路而行；其中孙可望率部走西线攻寻甸府、嵩明州，尔后窥视昆明；而刘文秀走东线，攻沾益州、曲靖府、越州卫、陆凉州、陆凉卫、路南州、徵江府等地，最终包抄昆明后路······
而在夔州方向，得到后方补给的孙传庭部，则吃准了当面顺军数量有限的软肋，故技重施，继续以水路夹攻的方式越过巫峡、对夔州府城及附廓的奉节展开猛攻。
对于孙传庭的进攻，袁宗第等顺军本着利用三峡地形、且战且退的宗旨，进行逐级抵抗，籍此不断吸收孙传庭部的冲击力，最终消耗孙部的战斗意志和战斗潜能。
在这样的战术下，袁宗第在奉节以东抵抗了十七天，这才在迁移了夔州和奉节百姓后，撤出夔州府城，率部退往了云阳一线，再次组织防线；只是孙传庭这次咬着牙，逼迫黄蜚、马得功等部用命，所以，袁宗第的云阳防线没有维持多久，就被迫再次退往了万县。
夺取万县后，孙传庭一面安排大队进行整修，一面又马不停蹄的安排小股部队经彭溪河谷上行，收复了实际处于士绅自治状态下的开县、临江（镇）等地，消除了侧面的威胁，并与雾山山脉以西的新宁、达州、东乡等地拥明武装取得了联系······