“臣等叩迎陛下得胜归来！”
明弘光五年三月十日，朱由崧御驾返回南京，是日，以监国太子朱慈焈、内阁首辅马士英为首的群臣，于观音门进行了盛大的陛迎仪式。
“陛下万岁、万万岁！我明军万岁、万万岁！我皇明基业万岁、万万岁！”
在群臣三跪九叩的大礼面前，一路鞍马劳顿的朱由崧淡然的回应道：“免礼平身！”
待一众臣子们站起来后，朱由崧下令道：“摆驾孝陵，朕要向太祖奏报光复直隶一事！”
这是事先安排好的行程，于是一众大臣便步行随着朱由崧的车驾前往八公里外的孝陵。
但八公里的路程，对于四肢不勤的一众文官来说太过漫长了，所以，朱由崧加恩道：“赐随扈百官骑马！”
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早有准备的应天府便前来马匹，并安排衙役为百官牵马而行----原本马匹应该是腾骧师这边让出来的，牵马的也应该是腾骧师官兵，但朱由崧不愿意让北伐功臣做牵马坠蹬的奴仆状，所以，一应事务就只能有应天府包办了。
抵达了孝陵后，朱由崧在祭殿内向朱元璋的神主奉献了包括爱新觉罗·博洛在内三百多枚满蒙王公大臣的首级，籍此宣告自己建立了比类明初北伐驱逐蒙元的功业。
等拜祭为孝陵，朱由崧返回南京紫禁城，然后登上承天门城楼，举行了一场面对南都百姓的献俘礼----原本平民不能通行的左右长安门打开了，数千名精心挑选的南京市民在外五龙桥南排列整齐，然后亲眼目睹了爱新觉罗·满达海等被俘满清王公大臣像牲口一样被牵到了承天门前跪拜，随即武骧师等部参与检阅部队，又依次向朱由崧奉上了缴获的各种旗帜、甲胄、武器、印玺等物件，却是让一众观礼百姓看到眉飞色舞。
完成献俘礼后，朱由崧又于太庙献捷，然后又祭拜了社稷坛，并派遣礼臣代自己前往天坛向上天禀告自己完成规复故土的伟业，这才宣告一整套的流程完成。
回到乾清宫，只见皇后黄氏率领一众宫妃跪在台阶上：“臣妾等恭迎陛下得胜还朝！”
而太子朱慈焈等皇子也各自带着妻子跪在宫妃的后面：“儿臣等恭迎父皇得胜还朝！”
看着妻儿们，朱由崧脸上露出了喜悦的笑容：“都起来吧，许久不见，朕想你们了······”
与妻儿欢聚两日后，朱由崧召开朝会。
朝会伊始，兵部首先做了当前军事局面的报告，系统的阐释二期北伐以来收复的各处国土，并就未来如何收复陕西、彻底消灭李自成匪军做了初步的说明！
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兵部说完后，吏部就新光复区的官员任命、部分军功将士的晋爵做了介绍。
户部则在稍后就接下来如何对光复区的救抚工作进行了说明，并且还就朱由崧提出的迁移南方无地百姓移居北方的旨意的落实进行了工作汇报。
在户部之后，礼部报告了该部奉旨派遣考官于光复区进行特别乡试的具体安排。
最后，刑部和大理寺又就大赦范围及今后刑徒流放地位置的改变进行了情况说明。
虽然其他部门并无特别要紧的事务，非得在今天汇报，但光兵、吏、户、礼、刑、大理寺等单位的报告就几乎用去了整整一个上午的时间。
午膳后，朱由崧召集内阁大学士、司礼监秉笔、六部尚书、六部侍郎及六科都给事中进行了一场小规模的会议。
在这场会议上，朱由崧正式提出了对大明行政机构进行改革的设想！
对于朱由崧改动大明行政机构的设想，吏科都给事中王灿成出列进言道：“陛下，《韩非子·解老》中说到:烹小鲜而数挠之，则贼其泽；治大国而数变法，则民苦之。是以有道之君贵静，不重变法。”
朱由崧身边的司礼监秉笔、都知监掌印李谙当即反驳道：“秦之前可有三公九卿？汉之前可有尚书？隋唐之前可有三省六部？元之前可有行省？为何诸朝几多变异官职，非独树一帜标榜与前朝不同，而是确实需要，如今陛下欲改动官职，实也是形势所需！”
兵科都给事中高演出来支持王灿成：“本朝二百余年来，体制稳定，骤然变异，只怕上下不安！”
司礼监秉笔、中官监掌印段炜立刻驳斥道：“国朝二百余年来，体制一直是在变动之中的，否则就不会有内阁、总督、巡抚了！”
每到提及祖制时，朱由崧总会把内阁扯出来说一遍，这让文臣们很是无奈，好在朱由崧没有让段炜继续发挥下去，而是直接宣布道：“朕意已决，卿等遵旨就是了！”
朝臣们根本无法对抗挟北伐大胜而归的朱由崧，所以，即便内心极其抵触，在场的臣子们也只能无可奈何的跪倒受命。
朱由崧让几人平身，然后笑道：“卿等放心，即便是更定官职，朕也不是拍脑门子决定的，少不得还要内阁、吏部、吏科会同商定才是！”
与会者这才安心了一点，此时就听朱由崧继续道：“先说，可以保留的官职吧！宗人府算一个！”
宗人府是管掌管宗室名册，并负责按时撰写帝王谱系，记录宗室成员子女的嫡庶、名称封号、嗣职袭位、生卒年间、婚嫁、丧葬谥号等事务的，历朝历代都需要这样一个机构，所以，当然不需要改动。
“三公三孤及东宫三公三孤也应该保留，不过品阶要改一改，三公三孤皆为正一品、东宫三公三孤皆为从一品，并为大臣加衔！”
原来少师、少傅、少保都是从一品，太子少师、太子少傅、太子少保都是正二品，朱由崧这次是这六个官的级别都抬了一级。
“但以上加衔，不可越级授予。”朱由崧沉默了片刻，补充道。“太子宾客仍为正三品。”
宫职官本身是高级大臣的加衔，而今的改动也不大，所以，在场的人都知趣的没有反对。
“内阁，依旧予以保留！”朱由崧看了看马士英等内阁大学士，随即说出了他们最想听的话。“但殿阁大学士的品阶一律提升为正二品，名实相符嘛······”