“此外，原来六部在司一级通常只有一名郎中、一名员外郎和一两名主事，这实在太少了，偌大个部，事务堆积如山，靠这点官能做什么，最终只能是朕与胥吏共天下了，所以，你们要根据实际情况下，在司之下设置科处，并以主事、都事主管，并在科处内安排低品官员为干事。”朱由崧又补充道。“今后各部尚书为正二品、左右侍郎为正三品、各司郎中为正四品、司下科处主事为正五品，科处内则有若干六七品的干事。”
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马士英迟疑道：“如此一来，岂不是各部职官数量倍增了吗？只怕有冗官之嫌疑！”
朱由崧摆摆手：“冗不冗，关键是看这些官做不做事，而不是看官的数量，真要向神庙年间，缺官不补，倒是没有冗官了，但朝廷运行却失了顺畅！另外官职改革的目的就是减少闲曹官员并归并和撤销已经是无用的衙门，然后将这些衙门内的官员转移到那些真正要做事、且事务繁重的衙门去！”
张国维目光一闪，随即探问道：“陛下的意思是，日后朝廷迁回北京，南都将不再设置留部衙门？”
朱由崧沉默了一会，回复道：“留都这套体制固然在朕继位这件事上是发挥了作用的，但是不客气的说，归根结底起到作用的也就南京兵部、南京户部等极少数衙门，朕以为相关衙门可以保留，但其他的衙门是否需要存续，值得商榷，或由军机处来进行统筹安排、决定是否撤销和归并！”
马士英应了一声：“是，臣等洽商征询一番后，再向陛下汇报是否要改易留都体制。”
朱由崧再次点了点头：“好了，大的框架，朕已经交代了，接下来军机处就正式开始运作吧；对了，朕稍后还会从地方抽调巡抚、知府、知州、知县等级别官员加入军机处，以备卿等参考。”
孙传庭言道：“陛下，官制改革不宜全面推行，或先着手在京衙门的修订，待在京衙门整合完毕后，再论地方衙门的更定！”
朱由崧笑了笑：“孙先生说的是，却是应该如此！”
意识到朱由崧的话已经告一段落了，马士英便提请告退，朱由崧想了想，说道：“孙先生留一下，卢九德也先留下！”
马士英有些忌惮的看了孙传庭一眼，便带着张国维和王灿成退出了乾清宫！
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待马士英等人离去后，朱由崧对孙传庭言道：“孙先生，有件事，朕要跟你交个底。”
孙传庭侧耳聆听，就听朱由崧说道：“英庙以降，似乎每朝都有类似孙先生这等文臣中的名帅，但这些文臣名帅的数量实在太少了，大多数的文臣，哪怕是做过巡抚总督当过兵部尚书，不知兵的很多，无非是这些人被文臣名帅的光芒遮掩了，所以，至今还有很多士人以为有朝一日自己也能羽扇纶巾、谈笑间指挥若定！这很荒谬！”
朱由崧加重语气道：“当然，有人会拿唐末五代说事，强调文官统兵的重要性，但朕以为，这恰恰是违反了祖制的，所以，朕有些正本清源，恢复洪武、永乐年间制度，以兵部处置军政，以大都督府处置军令！”
孙传庭皱着眉头问道：“陛下，何为军政，何为军令！”
朱由崧解释道：“军政包括武职官员的职务任免和军阶晋升、任职考核、军功记录和合适、军费预结算及临时报销、军马军船军械购置、规划军事要塞及要港的建设和裁撤、兵员征募及退伍安置等等；军令包括军事教育、作战和训练规划、军队操训及建设考察、军事地图的测绘、军事条例的制定和修订！”
朱由崧归纳道：“说白了，大都督府负责军队的训练、教育、作战准备以及战时指挥、战后总结，而兵部则负责解决军队的军费来源、武器来源和武器储藏、兵员来源等事务。”
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从朱由崧的话里，孙传庭听出一丝玄妙来：“也就是说，未来兵部将通过控制饷、械、兵源等来钳制约束大都督府，避免武将产生不轨之心？”
“唐代建立节度使制度的初衷是正确的，错误的是，不该让节度使兵权财权一把抓。”朱由崧没有正面回答孙传庭的话，只是说道。“另外，朕为什么要实施京营化，其实京营化的核心是军事教育普及化，打破世袭武官对军队的控制权，从体制上收紧对军队的控制。”
孙传庭立刻请旨道：“臣想去仔细了解一下京营及紫金山武学。”
“可以！”朱由崧批准了孙传庭的请求。“不过，目前国家财力不足，京营及外洋水师，实际由宫廷豢养，因此暂时京营的军政将继续由御马监负责，但军令是统一的，即由大都督府辅弼朕来指挥全大明的军队！”
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孙传庭某种程度上也算特立独行之辈，所以，他并不在乎文臣集团是否会因为大都督府重组及兵部改制而失去对军队的控制，因此，他言辞恳切的回应道：“陛下所言本是正理，天下兵马就只能听从陛下一人调度！”
朱由崧当然不会只听孙传庭说什么，他要看孙传庭做什么，所以他语气严肃的提醒道：“孙先生，区分军政军令的事一定会有极大阻力的，朕希望先生能帮着分担一二。”
孙传庭跪下来应承道：“臣责无旁贷！”
朱由崧满意道：“如此甚好，今日就到这吧，卿先回去忙！”
孙传庭告退后，朱由崧的目光落在了卢九德身上：“知道让你进军机处的目的吗？”
卢九德目前已经接替退休的韩赞周成为司礼监掌印了，但司礼监掌印名义上是内监中第一人，但实际在司礼监内的权力还不如第一秉笔呢，所以，朱由崧觉得卢九德在司礼监也是无趣，这才把他塞入了军机处这个临时机构里。
卢九德回复道：“陛下是不是觉得马先生虽然俯首帖耳，但立场依旧偏向文臣，再加上门生故旧甚多，搞不好要在官制改革中谋些私利，需要奴婢盯着点？”
朱由崧哈哈一笑：“说的却是不错，那你知道该怎么做了吗？”
卢九德立刻应道：“奴婢知道该怎么做了······”