内务府吸纳的漕军，一半会转为海船水手，另一半则会负责路上运输，尤其是冬季冰上运输，不过都会采用商业模式，以确定保本微利；至于以往漕船夹带，则会责成户部严加查处，不使之有偷漏税的可能，但这是后话，朱由崧现在是不用跟马士英等人说的。
马士英想了想，回应道：“陛下，虽然漕运的事情能给解决，但迁都和河工都耗费巨大，朝廷实在拿不出钱来，能不能一二年后再考虑迁都呢！”
朱由崧同意道：“马老先生此言是老成谋国之语啊！”
搁置迁都是朱由崧一直以来的想法，今天提起来，不过是抛砖引玉，接下来正文来了：“虽然迁都暂时搁置，但关于两京体制，卿等有什么想法嘛？”
谢友青立刻发言道：“陛下，南京六部虽然在陛下继承大统、延续大明统绪这件事上发挥了较大的作用，但冗官之说并非是无稽之谈，更何况经过官制改制后，各部院寺署官员数量大增，朝廷没钱，自是不能再养那么多闲曹冗员了！”
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朱由崧便问谢友青道：“卿的意思是尽废两京体制？”
不待谢友青回答，吏部尚书张国维断然否定道：“陛下，不可啊！”
朱由崧看向张国维，就听张国维解说道：“眼下大明虽然有中兴之势，但未来不可预测，焉知数百年后不会再现先帝朝的场景，所以臣以为人无远虑必有近忧啊！这万一万一，还是留下后手为好！”
孙传庭想了想，言道：“臣以当保留两京体制！但谢都给谏说的也有道理，所以臣以为，即便保留两京体制，也未必要设置全部的部院寺署。”
朱由崧思索了一会，问孙传庭道：“卿具体说一下吧！”
孙传庭答道：“臣以为昔日南京六部中唯有南京兵部拥有实权，其余各部具是闲曹，或可以不设！”
马士英摇头道：“不妥，昔日南京兵部之所以为重镇，实有指挥南方兵权之事权，如今，依陛下旨意，军政与军令分开，再设留都兵部也是闲曹！”
张国维建议道：“眼下财政为重，或可以置留都户部！”
孙传庭反对道：“若以北京为留都，则设户部并不妥当！”
朱由崧沉思起来，若北京只是留都的话，那么是不是可以设置北京行大都督府来指挥北地驻军呢？
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不过，这一想法很快被朱由崧自己给打消了！
是的，别说朱由崧不肯放手让北京行参军司来指挥北地十多万军队，就是朱由崧肯，文官集团也会产生担心的，至于让太子去北地监国也不妥当，搞不好就会出现父子相残的局面，且未来若干年后，当政皇帝没有太子怎么办？
朱由崧还在想着，马士英言道：“臣以为，或可以昔日南京体制，设留都兵部、留都留守司及留都镇守内臣······”
马士英说完后，朱由崧轻咳了一声：“朕用排除法来确定，首先留都不必置翰林院、詹事府、中书科、行人司、太常寺、鸿胪寺、钦天监！”
几名大臣小臣品砸了一下，同意道：“陛下说的是，这些部门不用置于留都！”
“接下来，吏部要不要置？”
孙传庭当即言道：“不可置！”
马士英和张国维的意见也是一样，不能设置留都吏部，以免南北各用一批人，从而形成国家分裂。
“好，那就不设留都吏部！”朱由崧从善如流道。“那要不要设留都户部和留都度支部！”
孙传庭还是主张：“如是以北京为留都，则不必设置留都户部，但可以设置留都度支部！”
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马士英的意见相反：“可以设留都户部，但留都不宜设置度支部！”
度支部集中体现了中枢权力，因此马士英认为不可分与地方，留都也不行！
张国维没干过户部尚书，对财政事务不算了解，所以对舍不舍留都户部和留都度支部没有特别的意见，谢友青则是没有中枢任官的经验，所以也不知道是不是要在留都设置这两个机构，至于宋之普等人更是没有说话的余地。
见两位大学士的意见不统一，朱由崧考虑了片刻，决定道：“那就先说其部门，留都刑部、留都工部、留都兵部、留都学部要不要设？”
张国维答道：“各道参照中枢将分设提学、按察、兵备、营建诸使，实在没有必要再设置留都各部！”
参照张国维的意见，其实留都户部和留都度支部也一样，是没必要设立的。
此时就听谢友青石破天惊的说道：“臣以为，南北京未必要设为留都，或以承天安陆府设为留都更加合适，可方便管辖湖广、四川、贵州、云南、广西、广东等地。”
张国维反对道：“何不将武昌定为新都呢！更能照顾方方面面！”
朱由崧从龙椅上站了起来，随即在殿内踱起了步，马士英三人不敢再坐，便起身等候朱由崧的决定，正在此时，一名司值内侍走进殿内报告：“皇爷，余学士到了！”
“让他进来！”
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几分钟后，刚刚调任翰林院学士的余煌走了进来，朱由崧待他叩拜起身后，对他交代道：“之前吏部改制的时候，朕忘了设置一个负责地名的机构，眼下也不能朝令夕改，就由翰林院负责这件事吧！”
余煌应了一声，就听朱由崧继续道：“这个部门设立后，好好的把大明现有府州县的地名梳理一下，畿南有赵州、滇西也有赵州，汉中有徽州，江东又有一个徽州，太多重复了，必须明确区分！”
余煌应道：“臣回去后就办！”
朱由崧摆摆手，余煌告退而去，余煌这个插曲结束后，朱由崧双手负责腰间玉带向军机处众臣说道：“南京控长江而位于大明海岸线之中，距西南也相对较近，地理优势远比北京要大，但事情不能单看地理，毕竟北地面临虏鞑威胁，是大明根本大患，所以都城北移是必须的，可都城北移后，对西南却是有些鞭长莫及了······”