虽然清虏跑了，辽东不战而下，但辽东边患依旧存在，所以，朱由崧决定于弘光七年的春夏之交发动对科尔沁草原的攻击。
但进攻草原，步兵带太多是不合适的，所以，朱由崧便遣返了随他北上的10个步兵团、4个辎重团，然后重新从南京调遣了1个京营骑兵师、1个京营骑马步兵团，从中都凤阳府调遣了2个京营骑兵师，从承天安陆府调遣了1个京营骑兵师，从奉天河南府调遣了1个京营骑马步兵团北上。
除了调动京营骑兵以外，朱由崧还下令从顺天军、蓟州军、新永平军（即原本从顺天、蓟州两军调往永平，接替山海关等地防务的4个师）中抽调3个骑兵师、2个骑马步兵团，从畿东道、畿南道、山东道、河北道抽调6个骑兵团、3个骑马步兵团前往辽宁。
如此一来，在春末的时候，朱由崧就可以统帅5个京营骑兵师、2个京营骑马步兵团、5个边军骑兵师、6个内道骑兵团、6个边军及内道骑马步兵团（注：给辽宁军留了1个骑马步兵团）及1个边军步兵师、1个北洋水师陆战旅、勇士营3个团、2个京营辎重团、3~4个边军辎重团，约计5万兵马杀向科尔沁草原了。
当然，对于广阔的草原来说，5万人依旧有些杯水车薪，但朱由崧从未指望一战就击败对手，而是会依托西辽河干流和支流耐心的修建起若干连续性堡寨，进而逐步压缩科尔沁人的生存空间，从而迫使科尔沁人主动决战，或主动逃亡。
而为了实现这个目的，朱由崧届时还会动用祥福瑞的兵马于北线呼应----即沿塔尔河（洮儿河）、曲裂儿河（归流河）深入，并同时修筑沿线商栈----让科尔沁人首尾难顾；此外，朱由崧还会动用托庇于万全行都司名下的蒙古各卫，从西向东进攻，一方面掩护明军在大凌河中上游地区修筑堡寨，另一方面也配合南北两路明军，威胁科尔沁腹地······
“撤销原宁远水师，所部改编为塘沽水师团和牛庄水师团。”朱由崧如是决定道。“原宁远水师总兵官郑鸿逵调往南京出任大都督府船械司同掌司事，并调严德桓和吴三桂为新设战史译文司掌司事、同掌司事！”
大都督府原来设置有战史条例司，这次将两个司分开了----这么做一个重要原因就是安置黄得功----条例制定事务继续由条例负责，战史研究归战史司负责，另外，新成立的战史司还下辖译文处等单位，以追踪泰西的最新军事成果（包括研究西洋各国的战法战略和武器装备），并为西厂泰西班提供必要的培训。
至于消化了宁远水师，会不会让郑芝龙产生某种担心，朱由崧倒是并不特别在意----是的，朱由崧现在还没有卸磨杀驴、铲除了郑家的想法，但如果因此能让郑芝龙更加恭敬、更加服帖，倒也是不错的结果，某种程度上也算是敲山震虎了。
不过朱由崧的旨意刚刚发出去半天，南京就送来警报：“皇爷，占婆国向朝廷求援，声称，安南阮主发兵三万威逼宾童龙，占婆无力抵抗，还请朝廷为其做主！”
朱由崧想了想：“唐藩刚刚于西贡地立足，占婆之存在能避免唐藩直面阮氏之威胁，所以，得救占婆，这样吧，传旨郑芝龙，让其率兵舰威逼会安，迫使阮主放弃南侵！”
万世眨眨眼，提议道：“皇爷，阮主与郑主相持多年，已是不可调和之宿敌，何不令鸿胪寺联络郑主，夹击阮主，从而一劳永逸，解决占婆之威胁呢？”
朱由崧摆摆手：“彻底消灭了阮氏，郑氏就不扩张了？搞不好前门去虎，后门迎狼，不但一样不会太平，而且安南一统，国力不再内耗，只怕占婆愈发危险呢！再说了，就算郑氏守户之犬，无意对外扩张，没有了阮氏的威胁，占婆还会俯首帖耳吗？只怕，到时候，北面没有威胁的占婆就要跟唐藩闹腾起来了。”
万世佩服道：“皇爷只是洞察万里，深谋远虑！”
朱由崧没有理睬万世的马屁，而是深思了片刻，这才继续道：“阮氏也好、郑氏也罢，都是后黎朝的权臣，而后黎朝的存在，对于大明来说就是羞辱，得彻底予以解决。”
原本在朱由崧的计划中，在消灭了北方的威胁后，才会用兵南方的，但现在谁也不知道建虏是会盘踞在喀尔喀，还是接下来会继续西逃，北方的局势因此也变得扑朔迷离起来，只怕短时间内，是没办法稳定下来的，所以，朱由崧就只能改弦更张，准备先在南面动手了。
说话间，朱由崧目光落到万世头上：“西厂应该加强在安南的布局，另外，去联络一下高平莫氏，就说如果莫氏愿意将高平四州奉于大明，朕可以帮助他获得阮氏的地盘，并册封他为安南国主。”
大约六年前，后黎朝出兵高平，结果被莫明宗莫敬宇击败，但这次战争莫朝虽然胜利，可国力却消耗极大，所以，朱由崧允诺以阮主所占据的两道之地换取莫朝现有区区四州国土，莫明宗应该会动心的；当然，动心不一定会行动，但到时候大明灭亡了阮主、郑主后，莫氏未必还敢螳臂当车，届时就能顺利交换了！
啥？朱由崧灭了阮主、郑主怎么还不能全取安南呢？
关键在于安南的人口实在太多了，不合适消化，所以，朱由崧对于安南的野心，仅仅在于横山\/蓝江以北，至于其他地方，交给谁都不合适----尤其不能交给郑芝龙----倒是交给莫氏却是很妥当的。
万世先应了一声，然后提醒道：“皇爷，安南烟瘴之地，进军不容易啊！”
朱由崧笑道：“安南要是烟瘴之地，那几百万安南人怎么活下来呢？当然，说北地大军南下，突然间水土不服是有可能的，另外，南方多蚊虫，北方兵容易得疟疾也是可能的，但也别想的太可怕了。”
话虽如此，朱由崧随后决定道：“调京营飞熊师、建武师进驻操训，必要时就地补充当地士卒，以为备战之用······”