明军夺取马尼拉城后的第三天，从圣费尔南多开来的第一支西班牙援军才开到了马尼拉近郊，结果不出意外，这支2000余人的西班牙援军被京营建武师非常轻松的击败了。
在击破圣费尔南多的西班牙援军后的一个月内，建武师及配属建武师作战的部分内镇明军又在以逸待劳的情况下，连续击破了多股来自吕宋各地的西班牙援军；由于野战部队在反攻马尼拉城的过程中消耗殆尽，所以战争持续到了明弘光十一年十月十一日之后，碧瑶、圣克鲁斯、圣安娜、八打雁、洛佩斯、圣纳西索等地的西班牙守军不得不转攻为守，不再向马尼拉这个无底坑中派遣部队，而是立足于守住现有各地要塞了。
不过西班牙人想固守待变，也得明军这边同意的，这不，在发现西班牙殖民军失去了进攻能力后，明军迅速转守为攻，对菲律宾各地的西班牙殖民据点展开了攻击。
当年十一月十七日，明军乂安道步兵团、福建道步兵团、小琉球皇庄保民团在水师淮丙船队一部的掩护下夺取了八打雁港，并消灭了当地西班牙军417人、菲律宾辅军108人，另外俘虏了89名西班牙军人和674名西班牙定居者······
十一月二十日，明军东洋水师陆战旅及后续开到的内洋水师陆战旅由水师运输至林加延湾登陆，随即以上两部一举夺取了圣卡洛斯、圣法比安等地，并对退缩在碧瑶城内的西班牙守军形成有效的威慑······
十一月二十六日，明军乂安道步兵团、福建道步兵团又在水师掩护下夺取了民都洛岛的加莱拉港，毙俘西班牙军108人，剩余309名西军及西班牙殖民者被迫向明军举白旗投降。
十一月二十九日，明军浙南道步兵团、江西道步兵团、济州皇庄保民团及后续运到的浙北道步兵团、京营第七独立攻城炮兵团在班乃岛的伊洛伊洛登陆，随即在舰炮支援下击败了守军的反登陆作战，然后耗时三天，顺利的拿下了伊洛伊洛城堡，此战毙俘西班牙军及菲律宾辅军872人，并抓捕西班牙移民448人······
十一月三十日，京营建武师2个步兵团又师属炮兵哨循陆路抵达马洛洛斯城下，然后用了两天时间，攻克了该城，城内西班牙守军及菲律宾附庸军320人全军覆没，另有700余名西班牙移民成为了明军俘虏······
十二月八日，建武师出击部队兵临圣费尔南多，当地殖民地省长纠集周边地区西班牙守军、菲律宾辅军1500余人主动迎战建武师所部，结果在交战中，西班牙人被明军的前装线膛步铳给打了个落花流水，包括西班牙省长在内，西军阵亡481人，菲律宾辅军则全部四散奔逃，西军残余见大势已去，便打出白旗向建武师主动投降了······
十二月十七日，建武师出击部队抵达圣法比安与东洋水师陆战旅、内洋水师陆战旅汇合，随后对碧瑶发起进攻；西班牙守军意图依托山间道路进行负隅顽抗，然而明军在移居本地多年的大明移民的带领下兵分两路对碧瑶实施了夹击，碧瑶守军由于在救援马尼拉时消耗了大量机动兵力，因此面对明军两路夹击明显顾此失彼，最终未能阻止明军合围碧瑶城。
十二月二十八日，碧瑶西军在外援不济的情况下，被迫向明军投降，至此，西军除了在吕宋岛北部尚有圣安娜、圣埃曼努尔等少量据点外，西班牙人在吕宋岛北部的殖民统治已经被扫荡一空了······
弘光十二年正月二十日，占领加莱拉港的明军乂安道步兵团、福建道步兵团又在水师舰船的掩护下，夺取了民都洛岛南部的圣佩特罗港······
三天后，建武师另外2个步兵团在小琉球皇庄保民团的配合下，于吕宋岛南部港口布兰登陆，从而基本控制了吕宋岛的南部······
弘光十二年正月二十七日，刚刚开到的明军广东道步兵团及江北道步兵团会同占领伊洛伊洛的浙南道步兵团、江西道步兵团、京营第七独立攻城炮兵团对宿务岛发起进攻，在短短三天内，就夺取了圣佩特罗城堡。
见到明军势如破竹，西班牙人在菲律宾的统治如汤沃雪般土崩瓦解，苏禄人坐不住了，于是从弘光十一年十一月底开始，苏禄人组织起2支数万人的军队，对棉兰老岛上的三宝颜、达沃两城发起进攻。
可问题是，西班牙人无力应对明军犀利的进攻，对付苏禄人却手到擒来，结果苏禄方面猛攻两地2个多月，累计损失超过6000人，却未能撼动西班牙人的阵脚，最终只能乖乖的向明军求援。
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接到苏禄人的求援后，明军调动益藩和周藩部分兵马出场，在明军舰炮的支援下猛攻三宝颜和达沃两城，最终于弘光十二年二月二十日及二月二十四日将两地先后攻克；而在益藩、周藩进攻三宝颜和达沃期间，明军主帅宁虎纠集主力对萨马岛上残余的西军据点奥尔莫克、帕洛发起了进攻，并于弘光十二年二月二十三日和三月一日，夺取了两城。
随后，明军又猛攻棉兰老岛上的奥德罗城，最终于四月二十九日，占领了该城。
弘光十二年三月三日，从湖北、郧阳、河南开来的内镇兵马对西班牙人在吕宋岛上残余的圣安娜、圣纳西索等据点发起最后进攻，经过一个半月的鏖战----主要时间浪费在了坐船和行军上----明军相继攻克了西班牙人的据点，至此，西班牙人在吕宋岛已经持续近九十年的殖民统治彻底宣告土崩瓦解了······
但菲律宾之战并未有在四月底宣告结束，弘光十二年六月八日，从墨西哥阿卡普尔科出发的大帆船队无知无觉的驶入了菲律宾海域----当时从菲律宾前往墨西哥的航程大约需要6个月，因此尽管西班牙菲律宾殖民当局在明军入侵后的第一时间向墨西哥发出了战争通报，但还是来不及阻止大帆船队从墨西哥出航----然后，这种贸易船队不出意外的被明军水师拦截，经过一番战斗后，三艘满载金银的贸易船为明军俘获，这才彻底宣告了菲律宾之战的终结······