【御龙渡：大岩蛇的身体跟超梦的护盾，你觉得哪一个硬？】
【希巴：......】
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小智和小刚的宝可梦对决误触发现宝可梦遗迹，附近的考古学家北斗以及其它的考古人员及时赶往遗迹，并且发现了奇怪的黄金眼以及汤勺型结晶等器物，跟小智一行人讲述了古代都市消失的情况。
他们之间的谈话被火箭队听得一清二楚，火箭队三人组动起了坏心思，火箭队深夜让阿柏怪掘地寻找到了另外一个类似黑色结晶石的器物，但这个东西直接将他们给吸收进去，不小心召唤出了巨大的耿鬼。
但耿鬼的方向是朝着真新镇下去的，小智一行人为了保护真新镇，跟巨大耿鬼展开战斗，但都没有效果，反被耿鬼吸进了身体。
而另外的器物因为感受到了耿鬼的存在从而召唤出了巨大的胡地，这两只巨大的宝可梦开始进行互相战斗，并且小智一行人没有任何手段可以阻止，毕竟一接触巨大耿鬼就会被吸到它的身体。
最后，因为胖丁的歌声触发了另外一件器物——也就是一开始发现的大铜钟，而这个铜钟也召唤出了巨大的胖丁，这只胖丁用恐怖的歌声成功催眠了打算大肆破坏并且可能召唤冥界的胡地以及耿鬼，最后巨大胡地和巨大耿鬼都回到了原本的器物中。
巨大的胖丁也随之消失了，而对此北斗表示古代的器物很可能就是类似于现在精灵球的存在，是将那几只巨大宝可梦收服进里面。
超古代宝可梦的事情告一段落，小智则是继续开展特训，为的就是不久后的石英大会。
他跟小茂可是真新镇的希望，因为真新镇出发的四位训练家，只要小茂跟小智两人收集到了八枚徽章。
所以就他们两个要去参加石英大会！！！
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【御龙渡：那几只巨大宝可梦是超古代宝可梦，灯塔那边的巨大快龙也应该是超古代宝可梦吧，有没有可能那只超古代快龙寻找的伙伴正是这几只超古代快龙呢？】
【大木博士：是有这样的可能！不过那只超古代快龙被火箭队一顿骚扰，没有留下什么信息，得亏火箭队遇见的温顺一些的快龙，要是遇到了像超古代耿鬼、胡地那样的宝可梦，他们可遭殃了。】
【希特隆：就是，火箭队无论发生什么事情，他们都要来横插一脚。】
【山梨博士：幸好他们没有破坏掉那记录的石板！】
【希罗娜：那块石板上描述的巨大耿鬼和巨大胡地的争端可能开启所谓的异界之门，如果不是超古代胖丁的出现制止，到时候直接可能导致的就是整个宝可梦世界的毁灭或者是崩坏。
超古代文明还有很多未解的谜题！】
【嘉德丽雅：各个地区的都有，不过研究归研究，希望不要弄出什么乱子！】
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轮到了黑光幕的小智一行人收到了快递员快龙的信件，也是邀请他们作为最强宝可梦训练家的派对。
此时的小智跟宝可梦们已经训练了很久，正需要寻找对手进行对战，检验一下自己训练成果。
见到小智看向它们，皮卡丘它们眼中也是充满了战意。
训练了这么久，终于是可以大展身手。
“默契越来越好了！”
现在小智的一个眼神，皮卡丘它们就知道是什么意思。
这样的默契属实是让人羡慕......小霞尤为羡慕，她收服的可达鸭要是能像皮卡丘它们一样就好了，不是战斗力一样，要像皮卡丘它们那么聪明，而不是整天呆头呆脑的。
她也跟小智学了很多东西，宝可梦们也跟着皮卡丘它们一起锻炼，但可达鸭好像不太行，试了很多方法都没用，小霞只好放弃，暂时先不管可达鸭吧！
一路来到了港口，看着海面上刮起了狂风。
狂风呼啸，带着海水的咸湿和不安的气息，卷起了层层巨浪，大雨倾盆而下，雨点如同密集的箭矢，溅起无数水花，可以说是小智他们见过最大的暴风雨。
他们来到了港口的宝可梦中心避雨。
君莎小姐跟港口负责人波依佳则是拦住了前往新岛的训练家，说是从小生长在海港的她也没有见过如此强烈的暴风雨，不能让那些训练家冒着生命危险前去新岛。
但那些训练家还是义无反顾地前进。
放出了自己的水系宝可梦，想要借助宝可梦的力量穿过海洋，直达新岛。
透过宽敞明亮的宝可梦中心玻璃窗，小智的目光穿越了被雨水模糊的海平线，紧紧锁定在港口处那波涛汹涌、风浪交加的海面。
小智感觉到一股似曾相识的波动，这股波动在他心中汇聚成一股强烈的冲动，如同潮水般汹涌澎湃，难以抑制。
“那里似乎有着能跟我的波导之力产生共鸣的东西！”
好像是在常磐市感应到那股波动，不过现在这股波动要强大得多。
皮卡丘看着波涛汹涌的海面，它还没试过在风浪这么大的海面冲浪。
跟小霞小刚他们说了这样的情况。
“走吧，我们也过去！”
既然小智能够感应到那只神秘宝可梦的波导，那他们就一起去看看，究竟是什么宝可梦？
趁着君莎小姐跟波依佳拦着那几位训练家的时候，小霞朝着给小智使了使眼神，小智立马秒懂，他放出了比雕，直接用比雕飞过去。
“哎，你们三个怎么也跑了！”
君莎小姐发现漏掉了小智他们三人。
“算了，拦也没用，宝可梦训练家是冒险者，这样的天气是无法阻止他们的！”
看着各显神通朝着新岛过去的训练家们，波依佳蓝色的头发飘动，默默地为那些训练家祈祷，希望他们都能安全到达目的地吧！