龙番市基因物证科的空气紧绷如弦，全息投影上跳动着全球十二座“蝴蝶实验室”的坐标。秦明将青铜罗盘嵌入分析台，十二个地支纹路突然投射出三维星图，交汇点竟指向北极圈附近的一座孤岛——那里标注着“000号终极实验室”。
“国际刑警最新情报显示，那座岛被磁暴笼罩，卫星无法探测。”韩诺推门而入，带来的加密文件在桌面展开，露出一张模糊的合影。照片中，数位西装革履的人站在实验室前，为首者戴着银色蝴蝶面具，袖口绣着与秦文远警徽相同的暗纹，“这些人控制着全球30%的基因产业，而他们正在筹备‘新世纪方舟’计划。”
陈诗羽的黑客终端突然发出刺耳警报，她盯着满屏乱码脸色骤变：“有人反向追踪到我们！对方破解了我的防火墙，正在……”话未说完，实验室的灯光全部熄灭，应急灯亮起的瞬间，七具瓷化尸体从通风管道坠落，每具胸口都插着刻有秦明名字的骨瓷匕首。
“是基因克隆体！”大宝的解剖刀划破一具尸体的皮肤，黑色的液体喷涌而出，“他们被注入了变异的瓷化病毒，细胞分裂速度是正常的百倍！”尸体突然暴起，利爪直取秦明咽喉，却被林涛的电磁脉冲枪轰成碎片——但碎块落地后又开始蠕动重组。
秦明在混乱中摸到口袋里的赵雪组织样本，突然想起病毒代码中隐藏的共生序列。他将样本涂抹在解剖刀上，刀刃划过克隆体的瞬间，黑色液体竟开始沸腾消散。“这些克隆体的弱点是赵雪基因中的抑制因子！”他大喊，“诗羽，定位对方的信号源！我们主动出击！”
北极圈的孤岛在磁暴中若隐若现，秦明等人乘坐的破冰船被无形的力量推离航线。韩诺操控着特制的量子导航仪：“岛上的磁场能扭曲现实，我们必须在磁暴间隙登陆。”话音未落，海面突然掀起巨浪，数十艘印着蝴蝶标记的潜艇破水而出，发射的基因导弹在空中化作瓷化藤蔓，缠绕住破冰船。
“弃船！启动磁暴防护服！”秦明带着众人跳入冰冷的海水，防护服表面的纳米涂层在磁暴中闪烁蓝光。他们游向岛屿的过程中，海底突然浮现出巨大的骨瓷建筑，无数发光的蝴蝶在珊瑚丛中穿梭——每只蝴蝶的翅膀上，都印着全球政要的基因图谱。
登陆后，众人发现实验室入口被十二道基因锁封锁。陈诗羽将从面具会长处获取的密钥插入锁孔，却触发了自毁程序。千钧一发之际，秦明将自己的手掌按在基因扫描器上，父亲的基因记忆突然涌入脑海：二十年前，秦文远正是用同样的方式，关闭了古龙窑的核心装置。
“原来父亲才是‘000号实验室’的初代设计者。”秦明的声音混着磁暴的轰鸣，“他故意留下漏洞，就是为了今天……”实验室大门缓缓开启，内部是一座悬浮在空中的基因树，每片树叶都是一个人类胚胎，树干中央的水晶棺中，躺着与秦明一模一样的银发男子。
“欢迎回家，012号。”银发男子睁开眼睛，声音与秦明如出一辙，“我是‘新世纪方舟’计划的核心——方舟主脑。你以为摧毁‘蝴蝶计划’就能拯救世界？看看窗外吧。”巨大的全息投影展开，全球多个城市正在被瓷化藤蔓吞噬，“这些不过是测试品，真正的基因洪水，将在黎明到来。”
林涛的电磁脉冲枪突然对准主脑，却发现枪口结满了冰花。主脑笑着举起手中的骨瓷权杖，实验室的基因树开始疯狂生长，秦明等人的防护服逐渐被瓷化晶体覆盖。而在混乱的磁暴中，一个戴着金色蝴蝶面具的身影缓缓走出阴影，面具下的面容，竟与秦明的母亲有七分相似……