有了上次在荆州推行土断的经验，这次桓温再推行土断之时就稳健了许多。根据荆州的经验，桓温认为，要想执行改革就得有人，而现有的官员又大部分是士族出身，这些士族出身的官员们一个基本特点就是把家族利益看的高于一切，所以想要依靠他们推行土断，基本上痴心妄想。
所以桓温推行土断的第一步，就是招揽人才，提拔寒族官员，然后将他们充实到各级政府当中去，然后再依赖这批寒族官员推行土断。
当时负责官员任用考核提拔的是尚书省的吏部，而此时的吏部尚书依然是由谢安兼任，但是因为谢安还担任着尚书侍郎的职衔，还要负责尚书省的其他事情，所以吏部的工作就基本上交给二把手吏部侍郎来负责。
所以，桓温决定提拔一位精干的寒族官员去担任吏部侍郎，来替桓温执行第一步计划，但是因为桓温长期征战，手下大部分都是带兵的将领，而这样工作又大部分是文职工作，所以一时难以找到合适的人选。
冥思苦想之后，桓温想到了荆州别驾车胤，车胤就是“囊萤夜读”故事的主人公，因为出身寒族，即便是有满身的才华却依然得不到启用，最后被南平郡太守王胡之推荐给桓温之后，才得到重用，最后官至荆州别驾。
车胤在被桓温破格提拔到荆州别驾的位置上之后，兢兢业业，勤勤恳恳，政绩十分卓着，所以桓温决定进一步提拔他为吏部侍郎，让车胤来负责官员的考核选拔工作。
而车胤作为寒族出身的官员，长期生活在社会的最底层，自然是了解社会的弊病所在，所以对于桓温推行土断一事自然是十分的赞同。
因此车胤决定不辜负桓温的希望，仗着有桓温撑腰，上任一开始作风就十分的大胆，严格按照朝廷的相关规定考核官员，对一批长期不上班、不称职、以及大量吃空饷的冗官庸官全部裁撤掉，完全不顾这些官员背后的家族势力如何？是哪一位高官的亲戚，只要不符合考核规定，就直接裁撤，毫不留情；然后又将一批长期得到了提拔重用而确实又有能力的官员提拔了上来。
由于车胤裁撤掉的大部分是出身士族的官员，而提拔的又多是出身寒族官员，这也就打破了东晋官场长久以来形成的默契和不成文的规定，让养尊处优惯了的士族官员们一时难以接爱，于是纷纷上书弹劾车胤。
但是执政的褚蒜子很清楚车胤是桓温的人，而褚蒜子也早就想整顿官场风气了，所以对于这些上书弹劾车胤的奏章一律留中不批，其实也是在暗示这些士族官员们自己是支持车胤的，让他们自己收敛点。
有了褚蒜子的支持，再加上人们也都知道了车胤是桓温的人，所以渐渐的也就没有人再上书弹劾车胤了。
由车胤打响了第一炮之后，桓温又决定推行第二步计划：调整地方行政区划，裁撤、合并侨置郡县，重新划定州、郡、县的边界。
根据尚书省的统计，当前东晋境内侨置州大约有七个，分别是幽州、冀州、并州、秦州、雍州、凉州、司州，而豫州、徐州、兖州、青州则只据有一部分土地，并没有完全占领；侨置的郡大约有一百三十多个，而侨置的县则达到了恐怖的三百多个。
这些侨置州郡县有的有实土，有的无实土，比如冀州清河郡，因为冀州已经全部沦陷，所以东晋朝廷就在长江以南找了块地方重新设置冀州清河郡，然后将北方来的冀州清河郡的流民安置在这里，所以冀州清河郡就是有实土的，只不过跟原来的清河郡不在一个地方而已。
而更多的侨置郡县其实并无实土，只是一个办事处性质的机构，但是一样有政府机构和官员，并且人员一样不比有实土的少，但是又没有那么多的工作可作，这也就造成了这些侨置州郡县占用了大量的行政资源，造成了不必要的浪费，加重了财政负担。
更重要的是，这些侨置州郡的设置极大地冲击了此前的南方行政区划，导致了“版籍为之混淆，职方所不能记”。
比如说，司州京兆郡在东晋境内竟然有三个办事处，因为，从北方来到南方的京兆人分布在襄阳、晋陵、长沙三个郡，为了方便管理这些流民，侨置京兆郡也就必须在这三个地方都设置办事处才能有效的进行管理。
又比如，许多不同地区的侨民涌到一处地方，使得一个郡内就有六十多个侨置县存在。
也就是说，虽然侨置州郡县便利了北方大族怀念故土，但是也方便了他们隐匿人口，逃避赋税和徭役，这严重阻碍了东晋政府实际掌控这些地区。
因此，桓温推行土断的第二步就是裁撤没有实土的侨置州郡县，他将没有实土的幽州、冀州、并州、秦州、雍州、凉州、司州等侨置州全部撤掉，但是因为这些州级官员级别都比较高，所以桓温对他们进行了分流，改派到其他州或者中央来任职，但是对侨置的郡县两级的官员则直接全部裁撤，这虽然引起了这些官员的不满，造成了极大的社会舆论压力，但是也大大减轻了朝廷的财政负担。
而对有实土的侨置州郡县则根据人口、土地等情况进行合并，调整其隶属关系，将实土侨置郡县划归目前所属州郡管辖，使州郡与所属郡县不至于相互隔越。
比如把冀州在长江以南所辖的三个郡十六个县合并为一个郡，这个郡不再属于冀州，而是隶属于现在的江州，原来的官员根据能力择优录取，而对于无才无能的则直接辞退，类似于后世的下岗再竞聘上岗。
同时，对于保留下来的有实土的侨置郡县，桓温也采取了限制州府置将和属官的人数的措施，一举解决了自东晋成立以来置官滥乱的现象，大大减轻了人民的负担，减少了财政支出。
通过裁撤、合并侨置州郡县以及限制属官人数虽然大大提高了工作效率，减轻了朝廷的财政负担，但是也不可避免的触动了部分人的利益，在当时，能吃上皇粮至关重要，现在桓温直接把这些侨置郡县的官员的铁饭碗收走了，家族势力大的还好说，而哪些家族不行的就困难了，这就等于断了他们的活路。
所以在桓温推行裁撤、合并侨置州郡县的过程中，也总是伴随着不断的叛乱、造反，他们妄图通过这种方式来抵抗桓温推行的政策，让桓温知难而退。
然而，桓温的崛起就是造不断的打压士族崛起的，又怎么会被这些人的叛乱所吓倒，对于这些叛乱郡县桓温都是直接派兵剿灭，在桓温绝对的军事实力面前，这些叛乱基本上都被平息，叛乱官兵或被杀或被流民，桓温就是通过这种铁腕手段，完成了推行土断的第二步计划。
经过桓温的不懈努力，至兴宁三年正月的时候，东晋已经裁撤掉了六十多个侨置郡，二百多个侨置县，剩下的则合并成了二十二个郡，一百多个县，裁撤了官员达到了数万人，大大的减轻了朝廷的财政支持，也减轻了人民的负担，取得了极大的成功。
在完成裁撤、合并侨置郡县之后，桓温决定推行土断的第三步，也是最核心，也是最难、阻力最大的一步，那就是清查人口，重新核定户籍。